Si la naissance du groupe remonte à 6 ans maintenant, c’est dès 2000 qu’il commença à se former. Cette année là, Eun Hyuk et Lee Teuk furent recrutés par le label. L’année suivante, ce fut le tour de Han Geng, Sung Min, DongHae et YeSung d’être repérés. Hee Chul, Kang In et Ki Bum se joignirent aux rangs des élèves (aussi appelés trainees) du label en 2003. Suivirent Si Won, Ryeo Wook et Shin Dong en dernier.
Lee Su Man annonça l’arrivée d’un nouveau boy band sur le devant de la scène début 2005, dont le concept est le même que celui du groupe japonais Morning Musume. Il s’agissait donc de promouvoir un grand nombre de nouveaux artistes pendant une année, puis de refondre complètement la composition du groupe l’année suivante. C’est le 6 novembre 2005 que sont finalement révélés les Super Junior 05. Ils feront leur première apparition sur scène le 11 septembre 2005, en présentant plusieurs chorégraphies en groupe et individuelles. Ces séquences ne seront dévoilées à l’écran que lors de la diffusion du premier documentaire à leur sujet : le Super Junior Show. Leurs débuts musicaux officiels auront lieu le 6 novembre au Popular Song de la chaine SBS, avec une performance de leur premier titre Twins qui sortira d’abord sous la forme d’un single digital le 8 novembre, suivi d’un album complet le 6 décembre. Le groupe interprétera sa première collaboration Show Me Your Love avec Dong Bang Shin Ki, groupe à succès de la même maison de disque. La renommée de ceux-ci sera fortement bénéfique pour la popularité des rookies du label.

Début février, les Super Junior 05 entament la promotion d’un deuxième titre de leur premier album, Miracle. Le succès est rapide et assez inattendu : il attire l’attention du grand public en étant au top de plusieurs charts coréens. Cette réussite correcte et les réclamations des fans changeront les plans de La SM Entertainment : le nom du groupe devient Super Junior et ne connaitra aucune rotation. Un treizième membre sera cependant intégré en mai : Kyu Hyun, qui est aussi le plus jeune de tous. La sortie d’un nouveau single de 3 morceau suivra son arrivée le 25 mai avec comme titre promu U. Une fois de plus, c’est un franc succès. La chanson deviendra la plus populaire de l’année, le single vendu à plus 81 000 exemplaires et vaudra au groupe le prix de Meilleur nouvel artiste aux Golden Disk Awards en fin d’année, ainsi que 6 autres prix aux cérémonies musicales. Une tranche horaire est proposée au groupe pour animer une émission de radio qui leur serait exclusivement réservée. Eun Hyuk et Lee Teuk en prennent la charge et Super Junior Kiss The Radio (ou Sukira) nait le 28 août.
A la fin de l’année est créé un premier sous-groupe, rassemblant les trois chanteurs principaux : Super Junior KRY (des initiales des membres inclus, Kyu Hyun, Ye Sung et Ryeo Wook). Ils feront leurs débuts le 5 novembre au Music Bank avec The One I Love, qui fut produit pour le drama Hyena. Le groupe chantera en effet majoritaire des OST et des ballades.
Le groupe sera sujet à de nombreux problèmes cette même année.
A commencer par l’intégration de Kyu Hyun qui n’est pas aussi positive que prévue. Malgré son talent évident, certains fans n’acceptent pas le nouveau venu et s’opposent à sa venue dans le groupe. Bien plus tard, il révélera que le groupe lui-même s’est montré plutôt dur à ses débuts, à cause de la pression exercée sur eux alors que le passage de groupe passager à groupe officiel était encore incertain. Dong Hae cessera momentanément ses activités suite à la mort de son père, et Hee Chul sera sévèrement blessé dans un accident de voiture sur le chemin des funérailles.

Le bon accueil du public face au premier sous-groupe entrainera la création d’une nouvelle sub-unit en février 2007, qui vise un public plus âgé avec un genre musical plus traditionnel et populaire, les Super Junior T (T pour « Trot Music »). Les membres en faisant parti son Lee Teuk, Eun Hyuk, Kang In, Sung Min, Hee Chul et Shin Dong et ils feront leurs débuts avec "Rokkugo", qui deviendra très populaire sur les radios et en Thaïlande.
L’album suivant aurait du paraître début 2007, mais les plans furent bouleversés suite à un terrible accident de voiture, impliquant quatre des membres sur le retour de l’émission Sukira. Eun Hyuk et Shin Dong ne seront que légèrement blessé, mais il en va autrement pour Lee Teuk dont les blessures nécessiteront 170 point de suture et surtout Kyu Hyun dont plusieurs côtes furent brisées et qui resta plusieurs semaines à l’hôpital. Ces deux derniers ne purent participer au tournage du film Attack On The Pin-Up Boys, exclusivement produit pour le groupe, même si Lee Teuk a l’occasion d’apparaitre dans le générique de fin.
Leur nouvel album sort finalement le 20 septembre, et la promotion de "Don’t Don" s’entame aussitôt. Ce n’est pas seulement le genre complètement différent de la chanson qui surprend : un nouveau fait son apparition dans le clip lors d’un solo de violon : Henry. Si Kyu Hyun avait enfin fini par être accepté par l’ensemble des fans, elles s’opposèrent de façon virulente à l’entrée du jeune chinois dans le groupe. Un mouvement, « Only 13 » fut créé pour cela. Quant à la chanson, elle reçu un succès mitigé, qui n’empêcha pas l’album de prendre à nouveau la tête des charts et d’être le deuxième album le plus vendu de l’année. Les Super Junior devinrent aussi le groupe de Kpop le plus populaire à Taïwan et de nombreuses récompenses en fin d’année, comme le titre d’artiste de l’année aux Mnet Music Awards ou encore le Bonsang aux Golden Disk Awards.

2008 voit la formation des deux derniers sous-groupes. Tout d’abord Super Junior M en avril, qui rassemble Han Geng, Kyu Hyun, Si Won, Ryeo Wook, Dong Hae ainsi que Henry, et un nouvel artiste de la SM, chinois lui aussi Zhou Mi. Ces deux derniers, à défaut de pouvoir rejoindre les 13 membres sans déclencher les manifestations du mouvement « Only13 » furent inclus dans cette unité qui vise à étendre l’influence du groupe au marché chinois. La stratégie se révélera payante, et bien plus que ce qui était attendu : en effet ils deviendront vite un groupe phare de la scène pop et sont aujourd’hui considérés comme les représentants de la musique coréenne (bien que leurs promotions soient toutes en mandarin) en Chine. Le second sous-groupe créé sera dévoilé plus tard dans l’année, il s’agit de Super Junior H, dont la composition est la même que trot avec Ye Sung qui remplace Hee Chul. H signifie Happy, conformément à l’ambiance joyeuse et aux chansons rythmés que produit le groupe.
Après le succès en Chine, et la sortie de la version japonaise de U qui connaitra un excellent accueil par le public nippon, la popularité des Super Junior fait ses preuves à l’extérieur du pays lors de leur première tournée asiatique : Le Super Show qui débuta le 22 février. Les places pour les dates données se vendirent en quelques minutes et la SM Entertainment fut contrainte d’ajouter des concerts pour satisfaire le public.

Le 12 mars 2009 sort leur troisième album studio, "Sorry Sorry", qui marque un grand pas dans la carrière du groupe. Il sera l’album le plus vendu de l’année 2009 non seulement en Corée, mais aussi l’album de Kpop le plus vendu en Chine, à Taïwan (où le titre restera en tête des charts pendant 37 semaines consécutives), en Thaïlande et aux Philippines. Il rapportera le disque d’or au groupe aux Golden Disk Awards et une reconnaissance générale et incontestable. Le repackage de l’album, incluant la nouvelle chanson "It’s You" connaîtra également un grand succès. Le Super Show 2 sera lancé à la fin de la promotion.
Seulement, cet album sera le dernier des Super Junior à 13 membres. Impliqué dans une bagarre dont les circonstances restent incertaines, et une affaire de fuite après un accident de voiture par la suite, Kang In sera écarté des activités du groupe pour ne pas ternir l’image des autres membres. En décembre, c’est au tour de Han Geng d’être au centre de la polémique. Celui-ci annonce en effet qu’il porte plainte contre le label et dévoile en même temps les conditions de son contrat qui se révèlent injustes et inacceptables. Il retourna donc en Chine et ses activités avec le groupe furent complètement stoppées bien que, tant que le procès n'est pas achevé, il soit encore officiellement dans le groupe.

Au début de l’année 2010, la situation du groupe est jugée incertaine est critique par le public. D’une part à cause du départ de Han Geng, d’autre part à cause des absences répétées de Ki Bum aux concerts et émissions. Il n’a d’ailleurs pas pris part à la deuxième tournée asiatique malgré qu’il ait été présent sur les affiches promotionnelles. Kang In quant à lui n’est pas réintégré dans les activités publiques, et annonce finalement son départ pour le service militaire en Juin pour mettre les choses au clair et accomplir son devoir. C’est néanmoins amputé de trois membres que les Super Junior reviennent avec un quatrième album, Bonamana, en mai puis un repackage incluant une nouvelle chanson, "No Other". La réception est très positive, quoi que moins bonne que pour le précédent. Les Super Junior battent pourtant leurs deux records. La chanson titre restera plus d’un an en tête des charts taïwanais, et l’album sera le plus vendu de 2010 (dépassant les 300 000 unités), faisant du groupe le plus gros vendeur physique pour la deuxième année consécutive.
La promotion de l’album s’accompagne d’une troisième tournée asiatique, le Super Show 3, qui durera également sur 2011, et du lancement d’une vaste tournée étalée d’un collectif des artistes du label : SMTown Live World Tour. C’est donc aux côtés de BoA, So Nyeo Shi Dae, SHINee, f(x), TVXQ et bien d’autres que le groupe fait ses débuts en occident, notamment à Los Angeles en septembre 2010.

Le cinquième album sort en août 2011 et s’intitule Mr. Simple, dans la continuité de Sorry Sorry et Bonamana, le titre devient très vite populaire et l’album s’écoule très rapidement, restant à la première place des principaux charts pendant 4 semaines. Le record de longévité de Bonamana sur les charts taïwannais est également battu. Une version B sort une vingtaine de jours plus tard, puis un repackage contenant 4 nouvelles chanson, dont une qui sera interprétée sur les émissions musicales : A-Cha. Au début novembre, il est annoncé que les deux versions de Mr. Simple se sont vendues à plus 441 000 exemplaires, plaçant les garçons en tête des ventes annuelles pour la troisième année consécutive. Un premier single japonais reprenant Bonamana en version traduite sort en Juin, marquant les débuts officiels du groupe au Japon.
En septembre cependant, c’est au tour de HeeChul de quitter momentanément le groupe pour effectuer son service civil (à cause d’une barre de fer qui lui a été implantée dans la cuisse suite à son accident, il ne peut suivre le service militaire).
La première tournée mondiale du groupe, le Super Show 4 est lancée le 19 novembre à Séoul.

Le Super Show 4 continue et pour la première fois s'aventure hors d'Asie, en passant le 6 avril par Paris, au Zénith. Le groupe donnera également ses premiers concerts individuels au Tokyo Dôme, qu'ils parviennent à remplir deux jours d'affilés. Le groupe verra son concert à Sydney annulé, un communiqué officiel affirmant que les conditions de santé de l'organisateur étaient trop mauvaises pour soutenir le projet. La tournée, qui compte en tout 24 dates et près de 400 000 spectateurs, s'achève le 27 mai lors du traditionnel Encore de Séoul. Durant cette même période il est annoncé que Mr. Simple s'est écoulé en Corée à plus de 500 000 exemplaires. La troisième tournée mondiale du collectif SMTown est lancé le 20 mai par un premier concert à Los Angeles.
Le 16 avril, Kang In termine son service militaire et retourne au sein du groupe pour préparer le sixième album, Sexy, Free & Single. Les pistes de l'album sortent le premier juillet en format digital et le 4 juillet sur support CD. Le 5 juillet le groupe fait son comeback sur la scène du M ! Countdown. Une version B de l'album sort deux semaines plus tard, et le dimanche 5 août est dévoilé le repackaging du sixième opus. Il contient quatre pistes supplémentaires dont Spy, nouvelle chanson titre. Un mois seulement après sa sortie, le sixième album (versions A et B uniquement) s'est écoulé à plus de 300 000 exemplaires (selon le Gaon chart).